BARCamp : Félix Bornier

Cette thèse allie recherche fondamentale et appliquée et s’inscrit dans le cadre de la lutte contre l’antibiorésistance. En effet, on recense de plus en plus de souches bactériennes pathogènes résistantes voire multi-résistantes aux antibiotiques, composés encore très largement utilisés pour soigner des infections d’origine bactérienne. Il apparaît donc nécessaire de développer de nouvelles alternatives à l’usage des antibiotiques.

Les amibes sont des cellules eucaryotes qui régulent naturellement les populations bactériennes dans l’environnement. Certaines d’entre-elles sont pathogènes ou permissives à la multiplication de diverses bactéries et c’est majoritairement pour ces deux raisons qu’elles sont étudiées. En revanche, le monde amibien est vaste et demeure encore largement inexploré. Ainsi, très peu d’études se sont intéressées à caractériser la capacité de prédation de ces cellules. Lors de sa thèse, Félix a isolé à partir d’échantillons provenant d’un bac de compostage domestique plus d’une centaine d’amibes et démontré que certaines sont capables d’éliminer efficacement des souches de bactéries pathogènes multi-résistantes aux antibiotiques. Parmi ces bactéries désignées comme prioritaire par l’OMS on retrouve notamment Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa ou encore K. pneumoniae, espèces responsables d’infections nosocomiales. Ces premiers résultats mêlant analyses phylogénétiques, étude du spectre de prédation des amibes et techniques de microscopie ont abouti à la publication d’un article en Juillet 2021 dans la revue scientifique Applied and Environmental Microbiology.

Il a ensuite étudié le potentiel pro-inflammatoire de ces cellules en co-inoculant certaines amibes d’intérêt avec des lignées de cellules immunitaires humaines (macrophages et kératinocytes) et démontré que celles-ci ne mènent pas à une réaction inflammatoire de la part de ces cellules. A présent, il réalise des expérimentations in vivo sur modèle murin afin d’étudier l’innocuité et l’efficacité des amibes dans un contexte thérapeutique. Bien que le chemin à parcourir soit encore long, il se pourrait que les amibes soient utilisées à l’avenir afin de soigner des infections causées par des bactéries pathogènes, chez l’Homme ou l’animal.

Après une licence en Biochimie et Biologie Moléculaire à l’Université de Bourgogne de Dijon, Félix a intégré le département Bioscience de l’INSA, et plus particulièrement la filière Biochimie et Biotechnologies, en 2016. Il a eu la chance lors de son parcours ingénieur d’effectuer un échange à la faculté de Farmacia y Bioquimica de Buenos Aires pendant 6 mois, ce qui lui a permis de découvrir ce fabuleux pays et d’y retourner plus tard pour voyager en autonomie en Amérique du Sud. Lors de la dernière année à l’INSA, il a réalisé en parallèle un Master 2 recherche en Microbiologie Moléculaire, Pathogénie et Ecologie Microbienne à l’Université Claude Bernard Lyon 1. Il a effectué son stage de fin d’études au Centre International de Recherche en Infectiologie de Lyon dans l’équipe « Transferts Horizontaux de Gènes chez les Bactéries Pathogènes » dirigée par Xavier Charpentier. La thématique du stage était d’isoler à partir d’échantillons environnementaux des amibes capables d’éliminer des bactéries pathogènes antibiorésistantes. Ce stage de 6 mois ayant mis en lumière des résultats intéressants, on lui a proposé de continuer à développer ce sujet dans le cadre d’une thèse de doctorat, dont le financement a été obtenu suite au passage du concours de l’école doctorale E2M2.